Tại buổi làm việc, các đại biểu đã tập trung cho ý kiến đối các vấn đề lớn như: định nghĩa bản chất hợp tác xã; cơ chế chính sách hỗ trợ, ưu đãi của Nhà nước đối với hợp tác xã; tổ chức liên minh hợp tác xã; quyền của hợp tác xã được thành lập công ty; việc phân phối thu nhập của hợp tác xã và quản trị hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã...
Đa số các ý kiến tham gia thảo luận đề nghị luật nên quy định theo hướng Hợp tác xã là một loại hình doanh nghiệp đặc thù, bởi Hợp tác xã đã được xác định là một tổ chức kinh tế; trong Nghị quyết đại hội Đảng lần thứ 11 và Nghị quyết 13 của Chính phủ cũng đã nêu rõ việc khuyến khích phát triển các loại hình doanh nghiệp sở hữu tập thể trong đó có Hợp tác xã. Như vậy, về mặt quan điểm chỉ đạo, Hợp tác xã đã được xác định là một loại hình doanh nghiệp và việc xác định này là hoàn toàn phù hợp với thông lệ quốc tế.
